發(fā)布時(shí)間:2016-6-17

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InvitrogenTM?SuperScriptTM?IV VILOTM預(yù)混液是一款cDNA反應(yīng)預(yù)混液,專為兩步法定量PCR應(yīng)用(RT-qPCR)而設(shè)計(jì)。該款預(yù)混液產(chǎn)品形式結(jié)合了優(yōu)化的緩沖條件以及以高度持續(xù)合成能力和熱穩(wěn)定性著稱的InvitrogenTM?SuperScriptTM?IV逆轉(zhuǎn)錄酶(RT),從而將成熟的VILOTM技術(shù)(可變輸入,線性輸出)提升至全新維度。
這一全新配方能夠幫助用戶實(shí)現(xiàn)更高的cDNA反應(yīng)溫度和更短的反應(yīng)時(shí)間,同時(shí)提升了cDNA得率和靈敏性——即使樣本的純度不佳或模板量較低也能良好反應(yīng)。
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靈敏度與線性度
SuperScript IV VILO預(yù)混液(SSIV VILO)包含了SuperScript IV RT,其配方經(jīng)專門優(yōu)化,能夠?yàn)檫M(jìn)行RT-qPCR應(yīng)用的研究者同時(shí)提供便利性和高效酶的性能優(yōu)勢(shì)。作為一款性能卓越的逆轉(zhuǎn)錄酶,SuperScript IV 逆轉(zhuǎn)錄酶的持續(xù)合成能力相比市面上其他類型的RT酶實(shí)現(xiàn)了顯著提升,從而能提供對(duì)低豐度靶標(biāo)更高的靈敏性,對(duì)RT反應(yīng)抑制劑更高的耐受性以及更快的反應(yīng)時(shí)間。本預(yù)混液的配方中還包含了專利的輔助蛋白,能夠在優(yōu)化的緩沖環(huán)境中進(jìn)一步提升RT酶與RNA模板之間的反應(yīng)效果,因此SSIV VILO擁有比SuperScript VILO或其他cDNA合成試劑盒更高的效率。??
在使用較低量的RNA起始樣本進(jìn)行14條靶標(biāo)轉(zhuǎn)錄本的RT-qPCR分析時(shí),SSIV VILO實(shí)現(xiàn)了高于其他參加測(cè)試的市售cDNA合成試劑盒的最高反應(yīng)效率(圖1)。在10分鐘的反應(yīng)條件下,SSIV VILO的Ct?值穩(wěn)定低2個(gè)循環(huán)以上。
圖1.SSIV VILO與其他10款市售第一鏈cDNA合成預(yù)混液之間的RT-qPCR反應(yīng)效率比較。根據(jù)生產(chǎn)商提供的使用說明,使用預(yù)混液和1 ng起始總HeLa RNA,在20 μL RT反應(yīng)中合成cDNA。。對(duì)于qPCR應(yīng)用而言,用戶需在10 μL InvitrogenTM EXPRESS qPCR超混液(貨號(hào)11785200)的反應(yīng)體系中使用1 μL的RT,與Applied BiosystemsTM TaqManTM 引物和/或探針(靶向特定的基因靶標(biāo))進(jìn)行反應(yīng)。所顯示的qPCR結(jié)果相對(duì)SSIV VILO組的倍數(shù)改變進(jìn)行了歸一化計(jì)算 [=1/(2^(Ct SSIV VILO – Ct 比較組))]。
難于檢測(cè)的樣本
近年來的調(diào)查和定性反饋結(jié)果表明,研究人員對(duì)當(dāng)前的cDNA合成結(jié)果并不滿意,同時(shí)他們也不得不檢測(cè)越來越多的困難樣本,如含有抑制劑的純化不佳RNA,或已降解的RNA。為了解困難樣本反轉(zhuǎn)錄的效能問題,我們?cè)诙喾N抑制劑存在的條件下,將SSIV VILO與其他市售的cDNA合成試劑盒進(jìn)行了RT效率的比較。按照以下公式,以SSIV VILO反應(yīng)的Ct?值對(duì)其他供應(yīng)商的試劑盒所生成的Ct?值進(jìn)行歸一化計(jì)算:歸一化的Y值?= [1/2^(Ct SSIV VILO?-Ct 供應(yīng)商?x)]。如圖3A所示,無論是否存在抑制劑,SSIV VILO在所有cDNA合成試劑盒中都表現(xiàn)出最高的反應(yīng)效率。與此類似,SSIV VILO還在冷凍樣本(圖3B)和FFPE樣本(圖3C)的cDNA合成反應(yīng)中實(shí)現(xiàn)了更高的效能。
圖3A.SSIV VILO與其他8款市售預(yù)混液之間的比較。使用100 ng Hela總RNA,在20 μL RT反應(yīng)體系(加入或不加指定濃度的抑制劑)中進(jìn)行RT反應(yīng)。在10 μL qPCR反應(yīng)體系中,使用EXPRESS qPCR SuperMix和B2M基因靶點(diǎn)的TaqMan引物/探針評(píng)估qPCR的反應(yīng)效能。
圖3B.在20 μL RT反應(yīng)體系中,使用50 ng冷凍組織的RNA樣本進(jìn)行RT反應(yīng),并對(duì)SSIV VILO與其他5款市售的預(yù)混液產(chǎn)品的反應(yīng)效果進(jìn)行比較。在10 μL qPCR反應(yīng)體系中,使用EXPRESS qPCR SuperMix和基因靶向TaqMan引物/探針評(píng)估qPCR的反應(yīng)性能。
圖3C.在20 μL RT反應(yīng)體系中使用50 ng FFPE的RNA樣本進(jìn)行RT反應(yīng),并對(duì)SSIV VILO與其他4款市售的預(yù)混液產(chǎn)品進(jìn)行比較。使用EXPRESS qPCR SuperMix,以10 μL反應(yīng)體系和基因靶點(diǎn)針對(duì)性的TaqMan引物/探針評(píng)估qPCR的反應(yīng)性能。
檢測(cè)靈活性
無論您在實(shí)時(shí)熒光定量PCR反應(yīng)中使用何種化學(xué)檢測(cè)手段,SSIV VILO都能幫您獲得最靈敏的qPCR反應(yīng)效能。使用基于SYBRTM?Green染料的實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)法,SSIV VILO的靈敏度在其他市售試劑盒的平均4倍以上(圖4A)。類似的靈敏度也可在基于TaqMan探針的實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)中獲得(圖4b)。這里展示了SSIV VILO及其他兩家供應(yīng)商產(chǎn)品的?ΔCts?值(Ct 供應(yīng)商),這些數(shù)值均使用SS VILO組的結(jié)果值進(jìn)行歸一化計(jì)算。在96個(gè)靶標(biāo)中的92個(gè)(96%)上,SSIV VILO都獲得了比同類產(chǎn)品更低的Ct值;在96個(gè)靶標(biāo)中的81個(gè)(84%)上,SSIV VILO都獲得了比SS VILO更低的Ct?值。這里的數(shù)據(jù)圖顯示了,在許多靶點(diǎn)上,SSIV?VILO都要比包括SS?VILO在內(nèi)的其他供應(yīng)商所提供的產(chǎn)品低2個(gè)Cts。
圖4A.使用100 ng總Hela RNA樣本和20 μL的RT反應(yīng)體系,在SYBR RT-qPCR基因panel分析中比較SSIV VILO和其他3種市售的預(yù)混液(包括SS VILO)。在10 μL qPCR反應(yīng)體系中, 使用EXPRESS qPCR SuperMix和基因靶點(diǎn)針對(duì)性的SYBR引物/探針評(píng)估qPCR的反應(yīng)性能。
精確定量
許多RNA分離試劑盒與分離方法無法獲取完全去除了DNA的RNA樣本,因此,gDNA的清除操作仍是RT-qPCR操作中的關(guān)鍵一步。殘存的DNA會(huì)造成假陽性結(jié)果、更高的背景或較低的檢測(cè)靈敏度。InvitrogenTM?SuperScriptTM?IV VILOTM?with ezDNase預(yù)混液產(chǎn)品通過一個(gè)2分鐘的(可選)的gDNA清除步驟,同時(shí)該產(chǎn)品還免去了DNA酶的熱滅活或清除步驟,為用戶提供了一個(gè)簡(jiǎn)化的處理流程(圖5)。?? InvitrogenTM?ezDNase是一款雙鏈特異性、不耐熱的DNA酶,并經(jīng)過基因工程處理,能夠清除污染的基因組DNA,既不會(huì)影響靶標(biāo)RNA的品質(zhì)或數(shù)量,也不會(huì)損傷引物和探針等單鏈DNA。
圖5:SuperScript IV RT與同類競(jìng)爭(zhēng)RT產(chǎn)品在處理已降解植物RNA時(shí)的靈敏性與變異度比較
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